Les Américains craignent de devoir effectuer un débarquement au Japon et ils savent cette opération très risquée. La décision d'utiliser la bombe nucléaire contre le Japon est prise par le président Harry Truman, successeur de Roosevelt, pour terminer la guerre (la deuxième guerre mondiale) le plus rapidement possible. Quatre villes, relativement épargnées par les bombardements classiques, sont alors désignées : Kyoto pour ses industries diverses, Hiroshima pour son grand port militaire et sa ville industrielle, Kokura car elle détient le principal arsenal, Niigata pour son port, ses aciéries et ses raffineries et Nagasaki pour son port et sa base militaire. Les cibles définitives allaient dépendre des conditions météorologiques. Le 6 août 1945 à 8h15 du matin, le B-29 largue la bombe atomique Little Boy sur Hiroshima : 71 379 personnes sont tuées sur le coup et beaucoup d'autres périrent du fait des radiations. Le Japon refuse toujours de désarmer et la décision de bombarder Nagasaki est prise. Le 9 août 1945, à 11 h 02, une percée dans les nuages sur Nagasaki permet au B-29 Bocksckar piloté par le major Sweeney de larguer la bombe atomique Fatman.

De plus, la topographie de Nagasaki en fait un site plus ouvert alors que les collines qui entourent Hiroshima avaient amplifié les effets dévastateurs de l'explosion. Dés le 28 août 1945, les Américains débarquent sur l'archipel sous les ordres du général George Marshall. Des experts, envoyés à Hiroshima et Nagasaki, font alors un compte rendu de la situation tant au niveau humain que militaire avec la destruction des bâtiments. Les Etats-Unis peuvent ainsi mieux estimer les effets des bombes sur la population. Pour les survivants, les cheveux tombent, des tâches bleuâtres apparaissent sur leurs corps, ils se mettent à saigner, des oreilles, du nez, de la bouche et beaucoup finissent par mourir. Les autres développeront de nombreux cancers et notamment des leucémies. Après le bombardement, la ville a été entièrement reconstruite. Quelques souvenirs et photos du bombardement sont présentés dans le musée de la Bombe atomique à Nagasaki. A Noter : « L'Ange de Nagasaki » est une sculpture miraculeusement épargnée lors de l'explosion de la bombe atomique.