Elle devient au 13e siècle une cité universitaire dont le prestige équivaut à celui d'universités renommées comme
Paris ou Bologne, et sa population allant croissant, devient la 2e ville du royaume de
France après la capitale. Elle est également dès cette époque une cité au commerce florissant. Place stratégique et carrefour de l'Europe, elle a su digérer au fil des siècles l'influence des différents savants et penseurs , notamment arabes et juifs, qui auront pu franchir ses portes afin de dispenser leurs savoir et développer leurs recherches dans tous les domaines scientifiques : droit, sciences, médecine, philosophie. La Seigneurie est récupérée par la couronne de France vers le milieu du 14esiècle, et la ville entame alors un long déclin qui ne se verra inversé que sous le règne de louis XIV. La ville s'embellit à cette époque par le biais de la construction de demeures cossues et luxueuses, « un magasin de belles demeures » selon Mme de Staël. L'économie se recentrant sur le travail de la vigne, Montpellier s'enrichit rapidement et entreprend la construction d'une quantité d'édifices urbains.