A l'époque de la propagation du christianisme et la création de la paroisse St Vincent sur le territoire, Matriniacus prend le nom de Mayrinac, à partir du Haut Moyen-Age. La ville sera ensuite la proie des anglais ainsi que le Duché d'Aquitaine au XIIème siècle, avant d'être réoccupée le siècle suivant par Philippe Le Bel puis de nouveau anglaise et définitivement française au XVème siècle. Un siècle plus tard, la ville de Bordeaux versera 9500 écus d'or afin d'acquérir la plus grande partie des terres de Meyrinac. A cette époque, la cité abrite un peu moins d'un millier d'habitants, répartis entre les différents hameaux de la localité tels Capeyron, Arlac, Beutre et Yquems. Mérignac prendra son nom définitif lors de la Révolution française et les hameaux deviendront partie intégrante de la cité, d'après le découpage en février 1790 du territoire français. Au XVIIIème siècle, le vignoble est l'un des centres économiques de Mérignac, mais au siècle suivant, l'industrialisation et l'élevage du bétail deviennent des activités importantes. De plus, le phylloxera, parasite qui s'attaque à la vigne, viendra mettre à mal les vignobles de Mérignac, entraînant une diminution importante de la production de vin.