Si les velux ont été installés en même temps que la toiture, à la construction, théoriquement, la garantie décennale joue encore et c'est l'assurance de l'entreprise qui a fait les travaux qui doit prendre en charge la réfection de l'étanchéité. N'attendez pas pour faire entamer une procédure par le syndic.
Si la garantie décénale était dépassée, ce serait la copropriété qui prendrait en charge les travaux car, même si vous avez la jouissance du dernier étage, la toiture fait partie des parties communes et chacun doit en payer sa part d'entretien (le calcul se fait avec les millièmes).
Par contre, si la pose des velux est de votre fait, c'est-à-dire effectuée par vous après construction de l'immeuble, c'est l'assurance de l'entreprise qui vous a fait les travaux qui doit prendre ne charge la réfection.
Enfin, si la pose des velux est de votre fait, mais exécutée sans facture (au noir), vous n'avez plus que vos yeux pour pleurer et prendre en charge la réfection de l'étanchéité.
PS : ne prenez pas à la légère le 2ème diagnostic ; au besoin, assurez-vous d'un troisième avis sur l'état de la charpente : en plus de la pluie actuelle, ce ne serait pas très agréable de se prendre la toiture tout entière sur la tête, d'autant que, au rythme où vont les assureurs pour assumer les sinistres, vous risqueriez de vous installer ailleurs pour longtemps en attendant la fin des travaux !!!
Enfin, pour le choix des entreprises, j'attire votre attention sur le fait que, si le moins disant est toujours le plus tentant, privilégiez un devis détaillé et précis et vérifiez la compétence de l'entreprise : les travaux d'étanchéité de toiture, c'est toujours délicat !