Son parcours dans l'équipe nationale est assez chaotique, il fait des performances en demi-teinte et critique ouvertement le sélectionneur de l'époque, McLaren. Une autre dispute avec
David Beckham fragilise sa place au sein de l'équipe mais malgré toutes ces anicroches, Wayne Rooney reste l'un des meilleurs espoirs de l'Angleterre pour l'avenir. C'est à partir de 2007 qu'il fait parler à nouveau de lui en Ligue des Champions, notamment quand il marque contre la Roma et le
Milan AC. En 2008, il est dans une position délicate à cause de ses nombreuses blessures et compte tenu surtout du fait qu'il est en concurrence directe avec
Carlos Tevez, un jeune attaquant argentin, mais la capacité de Wayne Rooney à s'adapter à tous les postes offensifs sur le terrain lui permet de rester titulaire. C'est aussi la consécration suprême cette même année, quand il gagne la Ligue des Champions avec son club, en battant Chelsea en finale.