En 1999, le festival passe à six jours, avant de repasser à trois jours en 2000, et ce pour cinq années consécutives. En 2001, le festival affiche complet un mois avant le début des festivités ! Le temps est à la pluie, mais cela n'empêche pas les 200 000 spectateurs de venir voir Manu Chao,
Noir Désir,
Henri Salvador ou
Placebo. En 2002, le festival souffre de plusieurs annulations de tête d'affiche : qu'à cela ne tienne, une scène électro sera rajoutée ! En 2003, les intermittents du spectacle menacent la tenue du festival en manifestant contre la réforme de leur statut. En 2004, les programmateurs sont dépités par l'annulation de
David Bowie et de Salvatore Adamo. -M- est sans conteste la star de cette édition, aux côtés de
Muse, Patti Smith et
Alain Bashung.