Créée en mai 2001, Twin Jet organisa son premier vol entre
Nîmes et Châteauroux. L'année suivante, elle obtint un agrément pour le transport sanitaire. Son siège social étant basé à
Aix-en-Provence sur le site d'une ancienne base aérienne, Twin Jet, tout comme Twin Air pour les vols charters et sanitaires, appartient au groupe Air Affaires ainsi que la société Kérosène, un atelier agréé chargé de la maintenance des avions de Twin Jet et d'autres compagnies. Depuis le mois de mars 2002, la compagnie est partenaire du programme Flying Blue d'
Air France. Ce programme de fidélisation permet d'accumuler des Miles lors de déplacements sur des vols réguliers. Ainsi, ces Miles peuvent être transformés en billets d'avion utilisables sur le réseau de Twin Jet ou d'Air France-KLM. Ce programme a été lancé en juin 2005 et depuis septembre 2007, il concerne également
Air Europa et
Kenya Airways, compagnies associées à
SkyTeam. Twin Jet assure des vols régionaux vers des destinations européennes ainsi que des vols d'affaires mais aussi de l'aviation taxi.