D'autres signes sont présents chez les enfants porteurs du syndrome de Kabuki ; ce sont : la surdité d'intensité diverses présente dans 50% des cas qui nécessite un appareillage le plus tôt possible, des otites à répétition, des anomalies squelettiques constantes, un 5ème doigt court, une scoliose, des luxations diverses, une hyperlaxité musculaire, une hypotonie musculaire qui va entraîner des difficultés dans les mouvements quotidiens,
épilepsie et convulsions, microcéphalie (tête de petite taille),
strabisme et /ou mouvements involontaires des yeux, anomalies urinaires diverses, sensibilité particulière aux infections, hirsutisme, puberté précoce, hernies, ectopie testiculaire (testicules non descendus), une
obésité à l'adolescence.