La même année, il joue un gangster dans « la Mentale », personnage créé par son frère Bibi Naceri. Samy Naceri donne également la réplique à
Isabelle Adjani dans « La Repentie ». En 2004, le comédien connaît quelques démêlés avec la justice et il est condamné à un mois d'emprisonnement avec sursis pour menaces à l'égard d'une hôtesse de l'air. Mais il poursuit sa carrière au cinéma et forme avec
Faudel et Julie Gayet, le joyeux trio de « Bab El web », une comédie de Merzak Allouache sur fond de rencontres internet. Mais sa violente altercation avec un styliste et ses démêlés avec la justice lui valent d'être écarté des plateaux de cinéma pendant quelques mois. Devant céder sa place à Sagamore Stévenin pour la pièce « Orange mécanique », il se rachète une conduite en participant à « Indigènes », un film de guerre de Rachid Bouchareb rendant hommage aux soldats oubliés de la première armée française recrutée en Afrique. Cette dernière performance lui vaut, ainsi qu'à ses partenaires de jeu
Jamel Debbouze, Roschdy Zem, Sami Bouajila et Bernard Blancan, le Prix d'interprétation masculine à
Cannes en 2006. Cependant, le mauvais caractère de l'acteur lui vaut des problèmes à nouveau.