A la suite d'une blessure, Rafael Nadal ne participera au tournoi de
Sydney en 2006, aux Maters de
Shanghai, au tournoi ATP de Chennai ou encore à l'Open d'
Australie. Il participe ensuite au tournoi de
Dubaï et s'offre une nouvelle victoire contre Roger Federer. Il ne connaîtra pas le même succès au tournoi de Miami puisqu'il sera éliminé par Carlos Moya. A l'occasion des Internationaux de France de 2006, il parvient à éliminer le suédois Robin Soderling. Sur sa lancée, Rafael Nadal s'offre une série de victoires contre des joueurs tels que Lleyton Hewitt, Novak Dokovic, Ivan Ljubicic, Robert Kendrick ou encore
André Agassi. En 2007, Rafael Nadal se fait éliminer en demi-finale par la français Xavier Malisse. Il connaît ensuite quelques échecs contre des joueurs tels que Chris Guccione et Fernando Gonzalez. Il participe ensuite au tournoi de Dubaï, à l'Indian Wells puis aux Masters de Monte Carlo. Cette même année, le tennisman parvient à remporter pour la troisième fois consécutive le tournoi de Barcelone.