C'est finalement le 7 juillet 1990 que se déroula le premier vol Lisbonne-Porto de la toute nouvelle compagnie Portugália Airlines avec un Fokker 100. Suivit la ligne
Lisbonne-Faro. Portugália Airlines devint ensuite partenaire de la principale compagnie aérienne portugaise, TAP Portugal en 2003. L'année suivante, Portugália Airlines transportait déjà près d'un million de passagers par an soit une progression très importante de 22,7 % par rapport à l'année précédente tout en multipliant ses destinations. Il était prévu, dès 2006 que Portugália Airlines rejoigne l'alliance Skyteam comme membre associé dès 2008. Pour augmenter ses destinations et se développer, Portugália Airlines signa des accords de partage de code avec de grandes
compagnies aériennes permettant ainsi d'augmenter ses lignes et ses destinations vers l'Europe et l'Afrique du Nord (
Casablanca). Quatre grandes compagnies aériennes faisaient partie de cet accord : Air France,
Alitalia,
KLM et TAP Portugal ainsi que deux compagnies aériennes privées :
Air Europa et Regional Air Lines.