En 1979, alors que le groupe est mis à mal par des conflits internes et des critiques visant la prétention du rock progressif (genre que Pink Floyd a en grande partie inventé), sort un nouvel album concept, « The Wall », entièrement conçu par Waters et sur lequel les autres membres ne font qu'exécuter les ordres du maître d'oeuvre. L'album est long, sombre, ambitieux. Il divise mais marque les esprits, et contient l'une des chansons les plus célèbres du groupe : « Another Brick in the Wall (part. two) ». Le cinéaste Alan Parker réalisera en 1982 un long-métrage avec Bob Geldof , et Roger Waters, après avoir quitté Pink Floyd, organisera en 1990 un concert berlinois célébrant la chute du mur et reprenant l'intégralité de « The Wall », interprétée par de nombreux invités tels
Bryan Adams ou Cindy Lauper. Déserté par son autoritaire leader en 1986, le groupe poursuit son chemin en trio. Il enregistre sous cette forme deux albums en studio (« A Momentary Lapse of Reason » en 1987 et « The Division Bell » en 1994) et deux disques en public, notamment le très remarqué « P.U.L.S.E. » en 1995.