La deuxième pratique est basée sur la recherche scientifique des extraits actifs des plantes. Cette pratique conduit aux phyto-médicaments et on parle alors de pharmacognosie. Il existe des précautions d'emploi car naturel ne signifie pas forcément bénéfique. Certaines plantes contiennent des principes actifs extrêmement puissants voire même toxiques. La phytothérapie est la médecine la plus vieille du monde. Le premier texte connu a été rédigé, 3000 ans avant Jésus-Christ, par les Sumériens qui utilisaient des plantes telles le
myrte, le chanvre, le thym et le saule. 1500 ans avant
Jésus-Christ la civilisation pharaonique disposait d'une médecine basée sur les plantes et des papyrus citent des centaines de plantes. 400 avant Jésus-Christ, Hippocrate, le père de la médecine, utilisait les écorces de peuplier et de saule comme remède contre la fièvre. Il a d'ailleurs écrit un traité sur 250
plantes médicinales. En phytothérapie, les plantes peuvent être utilisées fraîches ou séchées. Traditionnellement, les plantes sont administrées sous forme d'infusion, de décoction ou de macération.