Comme pour le conseil européen, la présidence du conseil des ministres est assurée à tour de rôle par les états membres et pour une période de six mois. La commission, elle, est composée de parlementaires désignés d'un commun accord par les états membres, pour une durée de cinq ans, et agréés par le parlement. Les commissionnaires exercent leurs fonctions en toute indépendance vis-à-vis de leurs gouvernements nationaux. La commission veille au respect des traités communautaires. Par ailleurs, la
Commission européenne traduit les décisions du conseil européen en propositions (par exemple de nouvelles réglementations, de nouvelles politiques...), qui sont soumises au parlement et au conseil de l'union. La commission européenne est chargée d'exécuter les actes communautaires décidés par le conseil de l'union. D'autres institutions participent au fonctionnement de l'
Union Européenne. Il s'agit par exemple de la cour de justice des communautés européennes, de la
cour des comptes, du comité économique et social des communautés européennes, du comité des régions de l'union européenne, du système européen de banques centrales, de la banque européenne d'investissement.