Ses parents déménagent plus tard à Troyes, dans le bourg de La Chapelle Saint-Luc où il passe toute son enfance et son adolescence. Mohamed Lamine Sissoko découvre le football très jeune. Avec l'autorisation de sa famille, il a rejoint le club des jeunes de Troyes. Puis, il a ensuite migré vers l'
AJ Auxerre avant de le quitter pour rejoindre le club Valence CF. Cette décision a créé des polémiques et des représailles, car le jeune joueur l'a prise sans l'accord de son club formateur avec qui il était lié par contrat. D'une autre part, le club espagnol a établi un contrat avec le footballeur en toute connaissance de cause et sans verser aucune indemnité. De plein droit, Auxerre décide de porter plainte en saisissant le Tribunal arbitral du sport. Pour information, l'incident s'est produit en 2003. A l'issu du procès, Valence a été condamné à verser 300000 euros de dédommagement. Mais les deux équipes opposantes trouvèrent une solution à l'amiable.
Litige entre Valence et Auxerre pour Mohamed Sissoko
Valence FC accepta de verser un million d'euros d'indemnité à l'AJ Auxerre en guise de remboursement du coût de la formation de Sissoko et de couverture de la rupture du contrat.