Une implication qui attise la polémique. Ainsi Christopher Hitchens, auteur d'une de ses bibliographies, critique ses liens avec différents dirigeants politiques. Des dirigeants comme Jean-Claude Duvalier, dictateur haïtien duquel elle reçoit la légion d'honneur haïtienne en 1981. Également en 1990, lorsqu'elle dépose une couronne de fleurs devant la tombe de l'ancien dirigeant stalinien Euttodja. Malgré ces divergences d'opinion, Mère Teresa fait l'unanimité au sein du monde entier. En 1991, elle demande à Georges Bush et
Saddam Hussein, d'interrompre la guerre du Golfe afin d'épargner les innocentes victimes. En avril 1996, elle se fait hospitalisée pour une fracture de la clavicule et plus tard, pour une crise de
malaria. Quelque soit son mal, elle redouble de volonté auprès des pauvres, ce qui fortifie sans nul doute sa volonté. Le 5 septembre 1997, Mère Teresa s'éteint à l'âge de 87 ans en Inde. Son corps est enterré à la Maison Mère des Missionnaires de la Charité. Sa tombe est devenue un lieu de pèlerinage et de prière. Chacun peut s'y recueillir : riche, pauvre, de quelconque confession. Cependant, son oeuvre auprès des pauvres des bidonvilles se perpétue. On lui confère un miracle.