Cette contradiction déboucha sur des querelles qui s'estompèrent avec l'instauration d'un cours sur la
circulation sanguine institué par Louis XIV (au « Jardin du Roi », l'actuel musée d'Histoire naturelle) où, politique et sciences s'accordent pour la première fois. Ensuite, avec l'observation des microbes grâce au microscope, la médecine contemporaine connut un grand bouleversement lorsqu'en 1658, l'affirmation de Kircher selon laquelle, les vers observés dans le sang des malades de la peste en seraient la cause. Cette affirmation concourut au développement de la médecine contemporaine, avec la découverte des cellules et des
globules rouges, ainsi que la création de nouvelles spécialités médicales. Plus tard, en 1677, les découvertes faites sur les ovaires, et les spermatozoïdes avec la théorie de la nidation de l'oeuf et les accouchements effectués par les médecins, remettant ainsi en cause, la thèse de la « génération spontanée » !