Dans les années 2000, Martinair connut de grandes difficultés mais continua cependant ses vols malgré de lourdes pertes dues aux difficultés de l'aéronautique mondiale et aux suite du
11 septembre 2001. L'arrivée de Boeing 747, 767 et 757 lui procura de nouveaux marchés. Outre les vols, Martinair s'occupe également de la confection des repas à bord et possède une école de pilotage. Aujourd'hui, la compagnie hollandaise dessert 90 destinations dans le monde entier, emploie environ 3 000 salariés et possède de nombreux bureaux dans 23 pays que ce soit pour le transport de fret ou de passagers. À noter cependant que la moitié de son chiffre d'affaires provient de l'activité fret et cette compagnie est très connue dans le monde pour transporter des produits périssables comme les fruits et légumes et les fleurs mais aussi du bétail, des chevaux et même des voitures haut de gamme. À partir d'
Amsterdam, tous ces produits sont exportés vers le Nord, l'Amérique du Sud, le Moyen-Orient, l'Extrême-Orient mais aussi l'Afrique et l'
Australie.