Il évolue donc dans cette équipe allemande qui lui permet d'être toujours le meilleur buteur de la Bundesliga et de hisser son équipe à la tête du championnat allemand avec son complice de terrain Miroslav Klose. Le duo étant surnommé "Kloni". Kloni a réalisé 33 buts sur 25 matchs. Toni est le pilier de son équipe allemande. Son premier quadruplé a été décroché après le match Bayern de Munich contre Aris Salonique lors de la dernière journée
UEFA et son premier triplé à la vingtième journée de la Bundesliga. Il a épaté tout le monde, témoignant d'un grand esprit d'équipe, en sauvant la sienne de la défaite lors du quart de finale de la coupe UEFA l'opposant à Getafe. Même esprit lorsqu'il a fait décrocher par son club le triplé coupe
championnat UEFA. Une des grandes raisons qui poussent les sélectionneurs de clubs à demander un transfert, même coûtant les yeux de la tête, est cette capacité de Toni à faire monter son équipe avec lui, ses efforts et ses mérites reviennent à son club. En ce qui concerne la sélection italienne, le début est assez tard car c'est seulement en août 2004, donc à l'âge de 27 ans, qu'il est remarqué et entre dans la Squadra Azzurra.