Mais des scandales entachent sa côte de popularité : suite à l'affaire du Rainbow Warrior le 10 juillet 1985 et à l'affaire du sang contaminé en 1991, il ne sera plus nommé dans un gouvernement avant le 27 mars 2000, où il entre dans le gouvernement de
Lionel Jospin pour le poste de ministre de l'Économie, des finances et de l'industrie. Entre 1986 et 2000, il se contente de la mairie de Grand-Quevilly, de la présidence du Syndicat Intercommunal à Vocation Multiple (SIVOM) de
Rouen (1989-1995) et du District de l'Agglomération Rouennaise (1995-2000), du Conseil régional de Haute-Normandie, de la députation en Seine-Maritime, et de la présidence de l'
Assemblée Nationale, du 23 juin 1988 au 21 janvier 1992 et du 12 juin 1997 au 27 mars 2000. Il occupe diverses places importantes au sein du Parti Socialiste, dont
premier secrétaire en 1992-1993. Il représente même la France en tant que député européen, du 25 juillet 1989 au 2 avril 1992.