Le kyste dit fonctionnel est celui dont l'apparition est liée au fonctionnement normal des ovaires. Il a pour caractéristique d'avoir une taille qui évolue avec le cycle de l'ovulation. En général, il régresse après la libération de l'ovule. Cependant, la régression peut parfois prendre quelques mois. La prise de la pilule notamment les pilules minidosées et les
médicaments stimulants ovariens sont une des principales causes de l'apparition des kystes fonctionnels. La
grossesse favorise aussi l'apparition de ce type de kystes. Lorsque le kyste ne régresse pas et se révèle persistant on parle de kyste organique. Son apparition est à relier à un développement tumoral au sein du tissu ovarien. Attention, il ne faut pas confondre
cancer de l'ovaire et tumeur de l'ovaire. Dans le cas des kystes organiques il est très rare qu'on observe une évolution vers une forme cancéreuse. La plupart du temps le kyste organique voit sa taille augmenter très lentement au cours des années. Dans ce cas on considère que le kyste est bénin. Les kystes organiques menant à un cancer de l'ovaire sont très rares et présentent une augmentation rapide de leur taille puis le développement de métastases ganglionnaires.