Une juridiction indépendante est instituée, pour faire appliquer les peines prononcées par la juridiction répressive. Le juge de l'application des peines (JAP) a pour rôle principal d'appliquer la sanction pénale. Il doit préserver les fonctions de la peine, dont les plus importantes sont : la réintégration sociale, la réadaptation et la resocialisation. Pour cela, le tribunal de l'application des peines, le JAP, et le SPIP (service pénitencier d'insertion et de probation) travaillent étroitement liés dans l'intérêt du condamné.
Qu'il s'agit de peine criminelle ou de peine correctionnelle, le JAP est le seul habilité à fixer (conformément aux lois en vigueur) les modalités et conditions d'exécution de la condamnation. Au sein de la prison, le JAP, après l'avis d'une commission, peut réduire la peine d'un condamné ayant fait preuve de bonne conduite. Il peut donner une autorisation de sortie (temporaire) à un détenu (sous escorte ou pas), pour des raisons personnelles ou pour motifs de placement en dehors du centre de détention. Il peut aussi décider qu'un condamné soit surveillé électroniquement, ou à mettre dans un régime de semi-liberté. L'ordonnance d'un JAP peut réduire, suspendre ou fractionner une condamnation judiciaire. En ce qui concerne la liberté conditionnelle, le juge de l'application des peines est compétent pour procéder à la libération anticipée des prisonniers, quand la condamnation prononcée par la juridiction répressive est de moins de cinq ans, et que les détenus font preuve de réelles intégrations et adaptations sociales. Pour les peines plus de 5 ans, le juge peut décider une libération conditionnelle, si le condamné n'est pas récidiviste et que celui- ci a accompli au moins la moitié de sa peine.
Pour les récidivistes, afin de pouvoir bénéficier de cette faveur, ils doivent accomplir les deux tiers de la condamnation. En cas d'inconduite notoire (violation des termes et conditions de libération), le condamné est réintégré en prison pour purger le reste de sa peine. En dehors de la prison, la compétence du JAP consiste à la mise en oeuvre des mesures d'indulgence comme la peine sursitaire, la soumission au travail d'intérêt général du condamné, l'ajournement de l'application de peine, d'interdiction de séjour et de suivi social du prisonnier.
Le JAP est apte à délivrer une injonction de soin à un détenu, il peut ordonner le placement de celui-ci dans un établissement sanitaire, pour un suivi, de surveillance ou d'expertise médicale, en vue d'un traitement ou d'une libération pour raison de santé. Pour les mesures qui ne sont pas du ressort du JAP, un jugement du tribunal de l'application des peines est nécessaire. La saisie de cette juridiction peut être faite par le JAP lui-même, par le
Procureur de la République ou par le condamné. Le jugement pris par ce tribunal est rendu après débat contradictoire entre le JAP et les personnels administratifs du centre de détention. Les décisions et jugements de l'application des peines sont susceptibles de pourvoi, dans le délai de 24 heures après la notification pour les ordonnances, et dix jours après la notification pour les jugements. Le Procureur de la République peut aussi faire appel de l'ordonnance du JAP, dans un délai de 24 heures.
En ce qui concerne les démarches à suivre pour bénéficier de l'aménagement de peine, la requête doit être déposée au service d'application des peines du
tribunal de grande instance du domicile du condamné, le SPIP (Service Pénitencier d'Insertion et de Probation) procède à l'enquête de celui-ci, et dresse un procès-verbal à adresser au magistrat de l'application des peines.
Le SPIP est aussi chargé de veiller au respect des obligations liées à l'obtention d'atténuation des peines, les personnels de ce service sont les premiers interlocuteurs des prisonniers, tant sur le plan administratif, que sur le plan de suivi des prisonniers dans leur réintégration à la vie sociale après avoir purgé leur condamnation. La Chambre d'application des peines (CHAP), une juridiction récente, est soumise à la loi du 09 mars 2004 (loi Perben II), créée surtout pour faire face à l'évolution des phénomènes criminels et à l'instauration des peines alternatives. La question d'engorgement des prisons motive l'établissement d'une sanction qui ne consiste pas à incarcérer le condamné, mais à le faire se racheter en effectuant des travaux d'intérêt général, ou en payant des amendes réparatrices ou tout simplement à prodiguer des mesures de sûreté afin d'éviter les récidives. Les juges de la CHAP sont libres d'apprécier les peines alternatives à appliquer, mais celles-ci doivent privilégier les fonctions expiatoires des peines prononcées.