JPP prend une place prépondérante à ces succès avec trois buts inscrits en finale contre AS Monaco sur un score (4-3), puis en inscrivant deux buts lors du match du sacre contre Auxerre. Il termine meilleur buteur du championnat pour la deuxième fois consécutive. Demi-finaliste de la Coupe de France, les Marseillais parviennent également dans le dernier carré de la Coupe d'Europe des clubs champions. Jean-Pierre Papin est élu Ballon d'Or en 1991. Après Raymond Kopa et
Michel Platini, il est le troisième Français à obtenir cette distinction prestigieuse. En 1992, Jean-Pierre Papin part pour le Milan AC après des adieux émouvants. En six saisons sous le maillot olympien, JPP aura donc marqué 185 buts en 254 matchs toutes compétitions confondues, terminé cinq fois de suite meilleur buteur du championnat de
France, entre 1988 et 1992, et remporté quatre titres consécutifs de champion de France, de 1989 à 1992. Après deux saisons expatrié en
Italie, JPP décide de changer d'horizon en rejoignant le club allemand du Bayern Munich pour tenter de trouver du temps de jeu. C'est à cette époque qu'il perd sa place en sélection nationale.