Celle-ci va être très mal accueillie par la Royal Society. Quoi qu'il en soit, il va démontrer plus tard que la lumière blanche est obtenue grâce à l'addition des couleurs de l'arc-en-ciel. Il va ensuite rencontrer l'astronome Edmond Halley et ce dernier va l'encourager à publier ses études en 1684. « Les Principia » traitent des mouvements des planètes et aussi de la fameuse loi sur la gravitation universelle. Il va également publier « Philosophiae Naturalis Principia Mathematica » en 1687. Un grand scandale éclate ensuite : l'affaire des faux-monnayeurs qui va faire grand bruit. Selon Newton en effet, 20 % des pièces de monnaie provenant de la réforme monétaire sont des contrefaçons. Or, il faut savoir qu'à l'époque, la contrefaçon était punie par la peine de mort. Newton va rassembler de nombreuses preuves et va persuader le jury de la culpabilité de dix personnes qui seront condamnées. Parallèlement, ce chercheur invétéré continue ses études notamment dans les domaines de la
philosophie et de la théologie, s'éloignant de Descartes pour se rapprocher des théories de Pascal dans « Les Pensées ». En théologie, il se penche sur les récits bibliques et sur la date de la fin du monde.