Les travaux des 12 départements de recherche que compte l'institut (notamment virologie, neuroscience, pathogénèse microbienne ou biologie structurale et chimie) ont régulièrement été couronnés de succès. L'Institut Pasteur a par exemple isolé le bacille de la peste en 1894 ou le virus du Sida en 1983. Par ailleurs, les actions de l'institut ont été récompensées par huit prix Nobel. Fort d'un budget de 240 millions d'euros en 2008 (dont 25% proviennent de l'Etat et 30% du mécénat), l'Institut Pasteur a pu former l'année dernière environ 1 000 élèves (pharmaciens, médecins, chimistes, vétérinaires...) et proposer pas loin 90 000 vaccinations et 30 000 consultations personnalisées via son centre médical, tout en déposant dans le même temps 507 brevets qui témoignent de l'efficacité des recherches effectuées. De plus, l'Institut Pasteur crée régulièrement de jeunes entreprises comme Cellectis en 2000 qui travaille sur l'
ADN ou Texcell en 2003, société de service spécialisée en sécurité virale. Les travaux de recherche actuels sont tournés vers l'éradication du Sida, de la malaria ou de la dengue, jugés prioritaires aux vues des nombreuses victimes chaque année.