Le cursus est ensuite divisé en trois cycles, un premier cycle de deux ans, le PCEM, un second cycle de quatre ans, le DCEM, suivi d'un internat de cinq ans, et de la soutenance d'une thèse. Avec le PCEM, on entre dans un programme très sélectif, surtout à l'issue de la première année, car le nombre de places en deuxième année est délimité par un numerus clausus. Mais ceux qui échouent au concours peuvent redoubler une fois ou alors se réorienter dans le domaine paramédical ou vers des études de sciences. Une fois que l'on a validé le PCEM et le DCEM, on passe un nouveau concours, les « épreuves classantes nationales », pour accéder à l'internat. Le choix de la spécialité dépend des résultats et du rang de classement. Une fois devenus internes, les étudiants préparent alors un DES de gastroentérologie, et obtiennent le Diplôme d'Etat de docteur en médecine avec mention de la spécialité de gastroentérologue après la validation des enseignements et des stages de gastroentérologie, à l'issue de la soutenance de la thèse. Le gastroentérologue est amené à travailler avec la technique et l'imagerie médicale, comme les
radiologues, mais son métier est également centré sur le dialogue et la prévention.