Son avenir footballistique a complètement changé à partir de ce jour. Ainsi, à 13 ans, il intègre le Bayern Munich en évoluant dans la section espoir et y restera pendant la plus grande partie de sa carrière. C'est seulement le 6 juin 1964 qu'il commence à jouer au sein de l'équipe première du Bayern. Il se démarque en marquant deux buts lors d'un match. Et c'est grâce à lui que son équipe remporte une victoire régionale et monte en division 1 de la Bundesliga. Durant cette saison, il marque seize buts en trente et un matchs. Après ce succès, il a été sélectionné pour renforcer l'équipe nationale allemande, la Mannschaft. Le 26 septembre 1965, la Mannschaft et la
Suède se rencontrent pour disputer la qualification à la phase finale de la coupe du monde 1966. Jouant en tant qu'arrière latéral, Franz Beckenbauer mène son équipe à la finale mais cette dernière est vaincue par l'
Angleterre. Néanmoins, il a marqué quatre buts en six matchs, et a été considéré comme la révélation du tournoi. En 1966, il remporte son premier titre majeur en gagnant la coupe d'
Allemagne. Tout au long de sa carrière, il est reconnu comme l'un des joueurs les plus titrés de l'histoire.