La veille et le jour même, il faut boire deux litres d'une préparation liquide destinée à « nettoyer » l'intérieur du côlon qui déclenchera une diarrhée de liquide clair. Lors de l'examen, le patient est allongé la plupart du temps sur le côté gauche. La colonoscopie nécessite l'insufflation d'air dans le tube digestif au moyen de l'endoscope afin de déplisser la muqueuse colique. C'est surtout ce remplissage d'air qui rend l'examen désagréable ou douloureux d'où la nécessité de faire l'examen sous anesthésie générale pour le confort du patient d'autant plus que cet examen dure environ trente minutes. Par ailleurs la colonoscopie se pratique à l'hôpital ou en clinique dans une salle dédiée aux endoscopes. Les signes qui peuvent alerter et conduire à une prescription de colonoscopie sont la présence de sang dans les selles après 50 ans et, avant cet âge, la présence d'un antécédent familial de cancer du côlon. C'est également un examen de surveillance après l'ablation chirurgicale d'un
cancer. La colonoscopie n'est pas dénuée de risques forts heureusement rares : la perforation du côlon et une hémorragie.