Entre 900 et 1000, des guerriers prennent même possession de Chichén Itzá, au Yucatán, qui entraîne la disparition de la civilisation classique de la région. La période postclassique est divisée en ancienne (de 950 à 1250) et récente (de 1250 à la conquête espagnole). Le Postclassique ancien correspond à la période de domination totale de Chichén Itzá, avec le culte de Quetzalcóatl, le serpent à plumes, accompagné du dieu de la Pluie des Mayas. Puis Chichén Itzá est remplacé par Mayapán au début du Postclassique récent. Mais Mayapán tombe également, en raison des rivalités des lignages nobles et des Espagnols. À cette époque, deux régions ; la côte du Tabasco et la côte de l'actuel Honduras britannique sont très actives et vivent du commerce du cacao. Entre ces deux régions, le long de la route que suivra Cortés pour se rendre au
Honduras, il n'y a que des villages fortifiés ou construits sur les îlots des lacs, à l'exception de Tayasal, un centre important qui se situe sur le bord du lac Petén Itzá, et qui résista aux Espagnols jusqu'en 1697. Après la conquête espagnole, les survivants de la civilisation maya se réfugient au centre de l'aire maya.