En 1966, il fondera le club « Charles Peguy », qui aura la direction en 1968 du mouvement autonome des étudiants lyonnais. Il échappera au service national... De 1988 à 1999, Charles Millon est président du Conseil régional de Rhônes Alpes. A ce titre, il met en oeuvre un certain nombre de projets, dont le fer de lance était le « Permis de réussir », qui tend à stimuler l'autonomie des
lycées et à développer l'esprit créatif des équipes pédagogiques. Charles Millon, c'est aussi les « Contrats globaux de développement », qui permettent d'apporter un soutien à un certain nombre d'opérations multiformes de développement et d'aménagement initiés par les territoires rhônalpin. On trouvera aussi dans le cahier des charges de Millon différents jumelages, comme notamment avec la Catalogne, la Lombardie, le Bade- Wurtemberg... On lui devra, enfin, la liaison Lyon-
Turin, la création du Mondial des Métiers, « Lyon 96 », et la participation de la France aux Olympiades des métiers... Charles Millon sera plus tard Ministre de la Défense sous le gouvernement
Juppé.