Cependant sa popularité ne lui permet pas de trouver l'argent pour financer le film d'anticipation qu'il garde sous le coude depuis des années. Il finit quand même par trouver un producteur et réalise son film, « Peut-être » en 1999, avec Jean-Paul Belmondo, Romain Duris et Vincent Elbaz au casting. Mais le film ne rencontre pas le succès escompté et les producteurs font grise mine. Cédric Klapisch passe alors à l'écriture de « Ni Pour, Ni Contre (bien au contraire) », mais le début du tournage est repoussé de quatre mois. Au cours de cette période, Cédric Klapisch décide de passer à un autre projet avec un budget extrêmement restreint en
Espagne. « L'Auberge Espagnole » (2002) fera trois millions d'entrées et deviendra par la même occasion son plus grand succès au box office. En 2005, Cédric Klapisch tourne la suite de « L'Auberge Espagnole » : « Les Poupées Russes », dont l'affiche comporte la plupart des acteurs du premier volet. Autre énorme succès auprès du public et de la critique ! Cédric Klapisch est désormais un réalisateur « bankable ». Il s'est mis à plancher sur son prochain film, « Paris ».