Cependant, son ami Tom DeSanto, fan incontesté du comics et associé de sa société de production, le persuade de se raviser : Bryan lit alors le comics, découvre les personnages et signe le contrat. Début 2001, Singer doit tourner « Confessions of a Dangerous Mind » avec
Johnny Depp dans le rôle principal, mais des problèmes financiers retardent la production et Singer se voit obligé d'abandonner le projet... Ce sera finalement
George Clooney qui réalisera le film. Fin 2001, après avoir failli produire la série télé «
Battlestar Galactica », Bryan Singer s'attèle à la réalisation de « X-Men 2 ». Le tournage a lieu au
Canada. Durant l'été 2004, Bryan Singer négocie la réalisation de « X-Men 3 » mais on lui offre l'opportunité de tourner le nouvel épisode de
Superman : il part alors en
Australie en 2005 pour sortir « Superman Returns » en juin 2006.