Les origines de Babylone restent vagues et les premières mentions de la ville remontent à la troisième dynastie d'Our, la ville était alors une petite bourgade située sur les bords de l'Euphrate. On sait que les premiers rois de Babylone furent des envahisseurs nomades qui choisirent la ville pour capitale aux alentours de 1900 avant
Jésus-Christ. Profitant de la richesse de la cité les souverains de Babylone firent construirent de nombreux temples, des fortifications et des canaux pour mettre en valeur la plaine de l'Euphrate. Etant donnée sa richesse la ville fut prise dans les querelles qui déchiraient la
Mésopotamie et, après une courte période de vassalité, Babylone s'imposa sur la majeure partie de la région sous le règne du roi Hammourabi (1792-1750 avant J.C) .Ce dernier crée un empire centralisé où les villes assujetties sont administrées par ses fidèles et dans lequel il n'existe qu'une seule justice (le code d'Hammourabi), mais cette construction ne survivra pas à sa mort. Affaiblis, ses successeurs sont finalement chassés du pouvoir suite à la prise de Babylone par le roi hittite Mursili en 1595 avant JC.
Babylone, alors l'une des villes les plus florissantes de Mésopotamie sur les plans économique, scientifique, artistique et intellectuel, tombe aux mains de Kassites, peuples venus des Monts Zagros et qui s'étaient installés quelques siècles auparavant au nord de la Babylonie, sur l'Euphrate moyen. La dynastie kassite va se maintenir jusqu'en 1150 av JC et faire de Babylone une ville plus dynamique que jamais : à cette époque la ville s'impose définitivement dans le bassin mésopotamien.
A partir du XIV ème siècle avant JC on voit se profiler une hostilité entre les Babyloniens et leurs vassaux assyriens qui dégénérera en affrontement et va durer près de trois siècles. Après trois siècles de guerres, au cours desquelles le sort des armes fut tantôt favorable à L'Assyrie, tantôt favorable à la Babylonie, Babylone affaiblie par une attaque assyrienne, succomba à une invasion des Elamites, venus piller les richesses de la Mésopotamie. C'est la fin de la dynastie kassite. Monte alors sur le trône la dynastie d'Isin, dont Nabuchodonosor 1er sera le troisième roi. Ce dernier, grand général, ira combattre les Elamites qu'il mettra en déroute et sera pour cela érigé en héros. Babylone connaît alors une nouvelle heure de gloire avant d'être à nouveau menacée par des envahisseurs : les Araméens. Affaiblie une nouvelle fois la Babylonie va passer sous la protection de l'Assyrie, qu'elle va alors tenter de contester, mais sans grand succès, puisqu'en 729 les Assyriens détrônent le roi de Babylone et prennent le pouvoir en Mésopotamie. La dynastie assyrienne dure jusqu'en 626 av JC, date à laquelle lui succède la dynastie chaldéenne.
Cette dernière entre en guerre contre l'Assyrie et met fin au royaume assyrien avec l'aide des Mèdes (guerre menée par Nabuchodonosor II contre l'Assyrie et l'Egypte son alliée ). C'est au cours de cette guerre que les Babyloniens prennent Jérusalem et emmènent les Juifs en captivité à Babylone. Commence alors une nouvelle période de rayonnement pour Babylone, c'est de cette époque que datent la porte d'Ishtar, les jardins suspendus (une des sept merveilles du monde antique selon Hérodote) ou encore le temple de Mardouk et sa ziggourat.
Nabuchodonosor II n'aura cependant que des successeurs médiocres et son royaume sera peu à peu grignoté par les Perses conduits par Cyrus. Ce dernier se proclamera roi de Babylone en 539 avant J.C, avec cette proclamation le pouvoir politique quitte la ville pour s'installer à Suse. La domination perse sera contestée, mais à chaque fois les révoltes seront noyées dans le sang, si bien que c'est Alexandre le Grand qui mettra fin à la domination perse en s'emparant à son tour de la ville. La ville va alors décliner progressivement et être abandonnée, si bien qu'en 27 après J-C le géographe romain Strabon en voyage en Mésopotamie découvrira un site désert.