La suite de son histoire est inscrite avec le destin de Genève et de
Chambéry, deux villes très proches, et elle devint même capitale du comté de Genève au XIIIe. Après de la fin de la lignée de la famille de Genève, en 1394, dont le dernier fut l'antipape Clément VII, le comté est donné à la Maison de Savoie en 1401. En 1444, il est élevé en privilège des princes de Savoie et Annecy devint capitale d'un territoire couvrant leurs possessions du Genevois, du Faucigny et du Beaufortain. Au XVIe siècle avec la montée du calvinisme à Genève, elle recueille en 1535 les Catholiques qui fuient le calvinisme et devient la capitale de la contre-réforme menée par François de Sales. Dès la fin du XVIIe siècle, la ville se transforme et devient un centre industriel majeur, grâce à la force hydraulique du Thiou. Durant la
Révolution française et, ensuite à l'époque
napoléonienne, la ville est intégrée au département du
Mont-Blanc dont le chef-lieu est Chambéry. Puis, à la restauration, Annecy retourne dans les biens de la Maison de Savoie.