La biographie d'André indique qu'il est d'origine arménienne et qu'il se passionne pour la musique dès son plus jeune âge, apprenant le
piano lorsqu'il a sept ans. Plus tard, alors qu'il est étudiant, il vend des orgues dans un magasin pour gagner de l'argent. A vingt ans, il part étudier la musique à la Berklee School of Music de
Boston. La formation complète lui apprend la composition, les arrangements et l'harmonie. A son retour en
France, André Manoukian fonde un groupe de
jazz, son premier big-band : Horn Stuff. Il compose dans le même temps pour des chanteuses et deux albums de jazz-funk sont enregistrés. En 1983, il découvre la chanteuse Liane Foly, qui deviendra sa compagne et dont il crée les premiers succès tels que « Au fur et à mesure » et « Doucement ». André Manoukian a travaillé avec des artistes tels que Michel Petrucciani, Richard Galliano,
Charles Aznavour, Freddy Zucchet, Gilbert Bécaud , Diane Dufresne, Nicole Croisille, Natacha Atlas,
Janet Jackson, Myriam Abel, Camille Bazbaz et Malia. Il assure les arrangements et compose les musiques des films tels que « Quatre étoiles » et « Jean-Philippe ».