Des problèmes de dos l'empêchent de jouer son meilleur jeu durant l'année 2000 où elle aura pourtant dominé Mary Pierce, Martina Hingis et Lindsey Davenport. Elle se rattrapera en 2001 en remportant quatre tournois:
Paris (Open Gaz de France),
Nice, Amelia Island, et quelques semaines plus tard,
Berlin. Alors très attendue à Roland Garros, elle s'incline dès le 1er tour et mettra plusieurs semaines pour s'en remettre. Amélie Mauresmo enchaîne les tournois mais ne parvient pas à accéder aux finales. C'est à partir de 2003 qu'elle reprend confiance avec l'Open Gaz de France où elle atteint la finale, qu'elle remporte face aux
Etats-Unis. En 2004, elle remporte pas moins de cinq titres et devient numéro 1 mondiale, une consécration pour la joueuse qui est la 1ère française de l'Histoire à occuper cette place.