Quelques trois années plus tard,
Dominique de Villepin, alors Premier Ministre de la France, charge le général Philippe Rondot d'enquêter sur les frégates taïwanaises. S'ensuit au mois de juin 2004, deux lettres anonymes et un cd rom envoyés au juge Van Ruymbeke dénonçant des personnalités qui auraient touché des commissions dans l'affaire des frégates sur des comptes secrets de la banque Clearstream. Parmi les noms on retiendra ceux de : Alain Gomez, ancien dirigeant de Thomson-CSF (devenu Thales), Philippe Delmas, vice-président d'Airbus (filiale de EADS) et aussi des personnalités politique comme
Nicolas Sarkozy,
Jean-Pierre Chevènement,
Dominique Strauss-Kahn et
Alain Madelin. Dès lors commence la chasse au corbeau, afin de déterminer qui est l'auteur de ces lettres anonymes, sous la responsabilité du juge Jean-Marie d'Huy. Le nom de Jean Louis Gergorin, vice président d'EADS, commence à apparaître dans la presse comme possible dénonciateur et s'ensuit une perquisition dans son bureau ainsi que dans celui d'Imad Lahoud, informaticien de la
DGSE.